1755年夏，伊犁河谷，清军将领班第率军抵达格登山一带时，准噶尔汗达瓦齐已经陷入众叛亲离的困境。几名牧民向清军指明道路，夜袭部队由此登山，达瓦齐仓促逃走，准噶尔汗国的核心防线随之崩溃。

这场战争结束后，许多人记住了达瓦齐被擒，却容易忽略另一个问题：清军攻下的并不只是一座城，而是一个经营数十年的政治中心。伊犁河谷从此改换主人，也开始了漫长而复杂的重建。

伊犁的特殊之处，在于它不像人们印象中的新疆那样荒凉。天山北麓的雪水汇成伊犁河及其支流，草原、河流和山地彼此相连。对依靠畜牧业生存的部族而言，这里既能放牧，又便于向东、西、南、北展开行动。

准噶尔部在明末清初进入这片区域。1676年，噶尔丹击败卫拉特诸部的重要对手，逐渐确立统治。伊犁并非一座按照中原形制建成的都城，更像是汗廷、军营、牧场和贸易据点的结合体。汗王的毡帐可以迁移，权力中心却长期依托伊犁河谷。

它的地理位置太关键了。向东，可以牵制吐鲁番和哈密；向南，能够影响天山南路；向西，则接近巴尔喀什湖和中亚商路。准噶尔汗国的疆域在鼎盛时期常被估计达到数百万平方公里，部分说法称约700万平方公里，但这类数字取决于是否把附属部落和势力范围一并计算。

噶尔丹的扩张，很快触碰到清朝的安全边界。1688年，他进攻喀尔喀蒙古，迫使大批蒙古部众南下寻求康熙保护。1690年，康熙帝亲征，在乌兰布通与准噶尔军交战。准噶尔军以骆驼结阵，后方配置火器，清军则以火炮轰击，最终迫使对方撤退。

那次战斗没有立刻结束冲突。1696年，康熙再次亲征，清军在昭莫多击败噶尔丹主力。清军将领费扬古抓住准噶尔军尚未完成部署的时机发动攻击，使其难以发挥骑兵和火器的优势。

败退中的噶尔丹失去部众支持。1697年，他在科布多附近服毒身亡。康熙曾对身边将领说：“此患不可不除。”这句话未必是现场原话，却概括了清廷对准噶尔问题的判断：只要这个强敌仍在，蒙古高原和西北边疆便难有稳定。

有意思的是，噶尔丹死后，准噶尔并没有立即衰败。策妄阿拉布坦掌权后，减少正面冲撞，修整伊犁，发展农业和手工业，并通过商路与俄国、中亚及清朝内地保持往来。伊犁的统治中心由此更具固定性，城镇、仓储和工匠群体逐步增加。

1716年，准噶尔军进入西藏。清廷在1720年派兵进藏，驱逐准噶尔势力，双方关系再次恶化。策妄阿拉布坦去世后，噶尔丹策零继续维持强势局面，清军与准噶尔之间的战争时断时续，边境贸易也随军事形势反复变化。

1745年，噶尔丹策零病逝，准噶尔贵族内部爆发争位。达瓦齐取得汗位，却无法压住各部矛盾。1754年，阿睦尔撒纳倒向清朝，乾隆帝认为这是解决准噶尔问题的机会。

1755年，清军分两路进入伊犁。准噶尔各部早已离心，达瓦齐没有组织起有效抵抗，很快逃往格登山。清军随即将其擒获。不过，战争并未因达瓦齐被俘而完全结束，1756年至1757年间，准噶尔地区仍有反抗，阿睦尔撒纳也最终与清廷决裂。

连续战争、部落冲突、人口迁徙和天花传播，使准噶尔社会遭受惨重损失。关于人口减少的具体数字，史料记载并不一致，不能简单用一个数字概括。但伊犁原有的政治秩序确实被彻底打断，许多聚落荒废，牲畜和农田也受到破坏。

1762年，清廷设置伊犁将军，作为新疆最高军政机构。将军府设在惠远城，清朝又在伊犁河谷修建绥定、宁远、广仁等城，形成彼此呼应的城镇体系。伊犁由汗廷驻地转变为军政中心，城墙、衙署、粮仓与驻防营地取代了旧有的权力布局。

重建并不只是修城。清廷陆续调入锡伯、察哈尔等部官兵和家属，南疆民众也参与屯田，回族商人进入市镇经营。1771年，土尔扈特部自伏尔加河流域东归，清廷将其部分部众安置在伊犁及其周边。不同群体的迁入，使伊犁逐渐形成多民族聚居的边疆社会。

1871年，俄国军队趁清朝西北局势混乱，占领伊犁地区。伊犁将军府受到破坏，当地居民和财产遭受掠夺。左宗棠收复新疆后，清廷通过外交谈判，于1881年签订条约，收回伊犁大部分地区，但也付出了赔款和领土代价。

1884年，新疆正式建省，行政中心转向迪化，伊犁不再是全疆唯一的核心，却仍是北疆重要的军事与交通节点。民国时期，伊犁的军政地位有所调整，旧有城镇格局则继续保留下来。

1954年，伊犁哈萨克自治州成立，首府设在伊宁市。那时的伊犁，已经不再是准噶尔汗王调动骑兵的营地，也不只是清朝将军统辖西北的府城。近三百年间，它经历了汗国兴起、战争覆亡、清朝重建、俄国占领与重新收回，城名和制度几度改变，河谷中的道路、农田与聚落却在一次次破坏后重新连接起来。